Wdrożenie systemu WMS wymaga dokładnej i szczegółowej dokumentacji. Dokumentacja ta obejmuje zarówno instrukcje obsługi dla pracowników, jak i szczegóły konfiguracji samego systemu. W efekcie, solidna dokumentacja gwarantuje płynność operacji magazynowych, ułatwia szkolenie nowego personelu oraz pozwala szybko rozwiązywać ewentualne problemy.